מי חופי הרחצה המוכרזים נדגמים לבדיקת איכותם הבקטריאלית  על ידי הרשות המקומית, בתדירות שנקבעה על ידי משרד הבריאות.

דגימות המים ניטלות באזור הרחצה שמול סוכת המציל ונשלחות לבדיקה במעבדה מוכרת, לגילוי וזיהוי חיידקים אנטרוקוקים ממוצא צואתי ו/או קוליפורמים ממוצא צואתי, על פי הנדרש בתקן למי-ים.

בעונת הרחצה  – נדגמים מי הים בכל חוף רחצה מוכרז פעם אחת בשבוע. במידה ומתגלות תוצאות חריגות המצביעות על זיהום מי הים, או כאשר ידוע על מקור זיהום המסכן או עלול לסכן את בריאות הרוחצים, משרד הבריאות מתריע למשרד הפנים ולרשויות המקומיות וממליץ לאסור רחצה, עד שיוסר המפגע ויתקבלו תוצאות תקינות. במקרים אלה, מסומן החוף בהתאם על גבי מפת איכות מי הרחצה.